استفاده از پدیده هتروزیس در فناوری برنج هیبرید یکی از راه های دست یابی به افزایش عملکرد در واحد سطح است و ارقام برنج هیبرید موجب افزایش 30-20 درصدی عملکرد نسبت به ارقام اصلاح شده پر محصول می گردد. در این مطالعه، خلوص 18 لاین نرعقیم سیتوپلاسمی ایرانی و خارجی و نگهدارنده آن ها به همراه یک لاین نرعقیم ژنتیکی به نام TG51 با استفاده از نشانگرهای مولکولی مبتنی بر PCR ارزیابی شد. این لاین ها در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار کشت و سپس خلوص آن ها با استفاده از نشانگرهای مولکولی اختصاصی، ارزیابی شد. مقایسه میانگین صفات نشان داد که لاین های برتر از نظر صفات موردمطالعه به ترتیب لاین های نرعقیم IR58025A، فجر A و ندا A بودند. جهت بررسی خلوص بذور والد CMS و تمایز بین لاین نرعقیم و نگهدارنده آزمایشات مولکولی با استفاده از 4 نشانگر مبتنی بر PCR انجام شد. در نشانگر ترکیبی CMS و RG136 و همچنین نشانگر RMT6 بیشترین تمایز بین لاین های CMS-WA و نگهدارنده حاصل شد و در منابع دیگر نرعقیمی کارایی نداشتند. اما نتایج حاصل از باند های تولیدی نشانگر drrcms نشان داد که این نشانگر می تواند به خوبی بین تمامی لاین های نرعقیم سیتوپلاسمی از منابع مختلف Gambiaca, Arc, WA و نگهدارنده تمایز ایجاد کند؛ لذا از این نشانگر می توان در تست خلوص ژنتیکی و تشخیص آلودگی های احتمالی در بذور والدینی استفاده کرد.